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  • 微生物組學

    MICROBIAL GENOMICS
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    微生物基因組重測序

    Microbial genome re sequencing

    產品介紹

    微生物重測序,是指通過與近緣參考基因組比對,而對某個微生物進行高通量數據分析的測序分析技術。通過重測序可以獲得目標微生物基因組對于參考基因組的SNP、InDel、SV 等一系列變異信息,并嘗試對基因組之間的性狀差異進行預測和解析,從而完成目標微生物的研究。

    產品優勢


    • 項目周期短

      針對性挖掘菌株間變異信息,精準快捷


    • 分析全面

      系統全面地檢測變異信息,個性化售后


    • 研究范圍廣

      可進行物種進化、種群特征、選擇壓力等研究

    實驗流程

    樣品采集
    DNA提取檢測
    文庫構建
    文庫質檢
    上機測序

    分析流程

    樣品要求


    • 其他要求

      如果需要多次制備樣品,則需要樣品總量 = 制備樣品次數×2μg


    • DNA樣品

      濃度≥20ng/μl,總量≥2μg,基因組完整無降解(23 kb以上),OD值在1.8~2.0 之間


    • 樣品無污染

      細菌/古菌/真菌的樣品來源一定要單一菌落無污染,否則會嚴重影響測序結果的質量

    技術參數

    測試策略 數據量 周期
    HiSeq PE150(350bp文庫) ≥100× 30個工作日
    • 一般可以用于變異檢測參考基因組的mapping率要達到多少?對于宏基因組項目,怎么排除宿主污染?

      答:一般建議85%以上比較好,最低要求在65%以上,比對上的reads才會進行分析,太低時數據有效利用率降低。

    • 什么是SNP、SNV(單核苷酸位點變異)?

      答:單核苷酸多態性singlenucleotide polymorphism,SNP 或單核苷酸位點變異SNV。個體間基因組DNA序列同一位置單個核苷酸變異(替代、插入或缺失)所引起的多態性。不同物種、個體基因組DNA序列同一位置上的單個核苷酸存在差別的現象。有這種差別的基因座、DNA序列等可作為基因組作圖的標志。人基因組上平均約每1000個核苷酸即可能出現1個單核苷酸多態性的變化,其中有些單核苷酸多態性可能與疾病有關,但可能大多數與疾病無關。單核苷酸多態性是研究人類家族和動植物品系遺傳變異的重要依據。在研究癌癥基因組變異時,相對于正常組織,癌癥中特異的單核苷酸變異是一種體細胞突變(somatic mutation),稱做SNV。

    • 什么是INDEL (基因組小片段插入)?

      答:基因組上小片段(>50bp)的插入或缺失,形同SNP/SNV。

    • 什么是copy number variation(CNV):基因組拷貝數變異?

      答:基因組拷貝數變異是基因組變異的一種形式,通常使基因組中大片段的DNA形成非正常的拷貝數量。例如人類正常染色體拷貝數是2,有些染色體區域拷貝數變成1或3,這樣,該區域發生拷貝數缺失或增加,位于該區域內的基因表達量也會受到影響。如果把一條染色體分成A-B-C-D四個區域,則A-B-C-C-D/A-C-B-C-D/A-C-C-B-C-D/A-B-D分別發生了C區域的擴增及缺失,擴增的位置可以是連續擴增如A-B-C-C-D也可以是在其他位置的擴增,如A-C-B-C-D。

    • 什么是structure variation (SV):基因組結構變異?

      答:染色體結構變異是指在染色體上發生了大片段的變異。主要包括染色體大片段的插入和缺失(引起CNV的變化),染色體內部的某塊區域發生翻轉顛換,兩條染色體之間發生重組(inter-chromosome trans-location)等。一般SV的展示利用Circos 軟件。

    • 如何驗證重測序的結果?

      答:通過全基因組重測序一般能夠發現SNPs、SV、CNV、InDel等多種遺傳變異,不同的變異類型,其驗證方法也各不相同。① SNPs可以通過PCR擴增包含該SNP位點的區段,并進行測序;或采用SNPs分型檢測的方法驗證。② CNVs可通過Real-time PCR對存在拷貝數變異的片段進行擴增,并根據CT值估算不同個體的拷貝數變化倍數。③小的SVs可通過PCR擴增和測序辨別,而大的SVs則需要通過亞顯微方法發現,如FISH等。④小片段的InDel,可通過PCR擴增,利用Sanger法測序進行驗證。

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