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  • 微生物組學

    MICROBIAL GENOMICS

    產品優勢

    • 分析經驗豐富

      完成過千例樣本的數據分析,獨有的拼接策略以及分析方法,超高深度數據集分析經驗,國際頂級期刊發表論文數十篇。

    • 測序平臺先進

      采用最主流的Illumina HiSeq測序平臺。

    • 成功率高

      國內最早一批開展宏基因組研究的實驗室,針對不同生境下的環境樣品,建立了一套高標準而又客觀準確的DNA提取標準方法,成功率非常高。

    應用領域

      實驗流程

      樣本采集
      DNA提取檢測
      文庫構建
      文庫質檢
      上機檢測
      DNA提取檢測

      分析流程

      樣品要求

      • DNA樣品

        濃度≥50ng/ul,總量≥3ug,OD260/280:1.8-2.0, OD260/230≥1.5,無明顯的DNA詳解,無RNA、蛋白質等雜質污染。

      • RNA樣品

        濃度≥65ng/ul,總量≥3.5ug,OD260/280:1.8-2.0 , 23S/165S≥1.0,RIN≥6.0;無基因組污染、無蛋白和雜質污染、無顏色異常。

      • 樣品運輸

        樣品保存期間切忌反復凍融,送樣時請使用冰袋或干冰運輸。請同時附上QC數據,包括電脈膠圖、分光光度或Nanodrop檢測數據。

      技術參數

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        微生物組學

        METAGENOMICS

          擴增子測序是指利用合適的通用引物擴增環境中微生物的16S rDNA/18S rDNA /ITS高變區或功能基因,通過高通量測序技術檢測PCR產物的序列變異和豐度信息,分析該環境下的微生物群落的多樣性和分布規律,以揭示環境樣品中眾多的微生物種類及它們之間的相對豐度和進化關系。

          宏基因組(Metagenomic),又稱為微生物環境基因組,或元基因組,是指環境樣品中所有微生物基因組的總和。而宏基因組學研究是以特定環境樣品中的微生物群體為研究對象,采用新一代高通量測序技術,對微生物多樣性、種群結構、進化關系、功能潛力、相互協作關系以及與環境之間的關系進行探索和研究。宏基因組測序不受微生物分離培養的限制,為微生物群落研究提供一種有效手段。

          宏轉錄組 (Metatranscriptomics)主要從群體水平上研究環境樣品中微生物的全部轉錄本(即 mRNA )的表達水平及其在不同環境條件下的轉錄調控規律,并研究微生物與自然環境的相互關系。宏轉錄組能從轉錄水平研究復雜微生物群落變化,能更好的挖掘潛在的新基因。

          細菌全基因組De novo測序也叫細菌全基因組從頭測序,指不依賴于任何參考序列信息就可對某種細菌進行測序,然后用生物信息學的方法進行序列拼接、組裝,從而獲得該物種的基因組序列圖譜,并對其進行結構和功能等一系列的分析。依據研究目標所需精細程度的不同, 我們提供了細菌框架圖和細菌完成圖兩種不同的解決方案。

          真菌denovo測序,又叫真菌基因組從頭測序,指不依賴于任何參考序列信息就可對某個真菌進行分析的測序分析技術,用生物信息學的方法進行序列拼接,可以預測真菌基因組中所包含的基因, 從而獲得該物種的基因組序列圖譜,并進行功能注釋等一系列的數據分析。依據研究目標所需精細程度的不同, 我們提供了真菌框架圖和真菌完成圖兩種不同的解決方案。

          微生物重測序,是指通過與近緣參考基因組比對,而對某個微生物進行高通量數據分析的測序分析技術。通過重測序可以獲得目標微生物基因組對于參考基因組的SNP、InDel、SV 等一系列變異信息,并嘗試對基因組之間的性狀差異進行預測和解析,從而完成目標微生物的研究。

          細菌轉錄組通過與相應的基因組進行map分析,揭示其中轉錄活性較高的相關基因及其功能。一般而言,單菌轉錄組具有不同的梯度的實驗設計(如不同溫度,不同添加物濃度等等),所以會有多個轉錄組進行比較分析,從而揭示與研究的功能(表象)具有一定聯系的基因(簇)或代謝途徑(機制)。

          多相分類是將生物的各種信息和數據結合起來,通過對所有水平上的分類信息進行描述和定義,反映出生物間系統進化關系,已成為當前研究微生物各級分類單位的最有效方法。采用多相分類法對微生物進行菌種的分類鑒定,已成為目前國際上通用的鑒定手段。

          通過DNA測序對微生物進行物種鑒定(菌種鑒定)是比傳統生化鑒定跟快速。DNA測序不依賴菌種本身特點,對所有菌種均可使用。

          產品優勢

          • 分析經驗豐富

            完成過千例樣本的數據分析,獨有的拼接策略以及分析方法,超高深度數據集分析經驗,國際頂級期刊發表論文數十篇。

          • 測序平臺先進

            采用最主流的Illumina HiSeq測序平臺。

          • 成功率高

            國內最早一批開展宏基因組研究的實驗室,針對不同生境下的環境樣品,建立了一套高標準而又客觀準確的DNA提取標準方法,成功率非常高。

          應用領域

          實驗流程

          樣本采集
          DNA提取檢測
          文庫構建
          文庫質檢
          上機檢測

          分析流程

          樣品要求

          • DNA樣品

            濃度≥50ng/ul,總量≥3ug,OD260/280:1.8-2.0, OD260/230≥1.5,無明顯的DNA詳解,無RNA、蛋白質等雜質污染。

          • RNA樣品

            濃度≥65ng/ul,總量≥3.5ug,OD260/280:1.8-2.0 , 23S/165S≥1.0,RIN≥6.0;無基因組污染、無蛋白和雜質污染、無顏色異常。

          • 樣品運輸

            樣品保存期間切忌反復凍融,送樣時請使用冰袋或干冰運輸。請同時附上QC數據,包括電脈膠圖、分光光度或Nanodrop檢測數據。

          技術參數

          測試策略數據量周期
          DNA或cDNA60K/180K50 個工作日
          DNA或cDNA60K/180K50 個工作日